Безопасността на АЕЦ "Козлодуй" е издигната в основен приоритет и е обект на независим държавен надзор, упражняван от Агенцията за ядрено регулиране при Министерския съвет на Република България, от Министерството на околната среда и водите и от Министерството на здравеопазването.
Дейностите по опазването на живота и здравето на хората и околната среда са от първостепенно значение за персонала на централата. Установено е съответствие на радиоекологичното състояние на природната среда около АЕЦ с изискванията на действащото законодателство в областта на радиационната защита. През 2002 г. България ратифицира протокола от Киото, който е сериозна стъпка за намаляване на емисиите на 6 парникови газа (CO2, CH4, N2O, HFCs, PFCs и SF6). Производството на електрическа енергия от АЕЦ практически не генерира парникови газове и има съществен екологичен принос за опазването на околната среда.
Електропроизводството на АЕЦ “Козлодуй” през 2019 г. е спестило на населението и околната среда вредното въздействие на над 19.5 млн. тона въглероден диоксид (CO2), 64 хил. тона серен диоксид (SO2), 14 хил. тона азотни оксиди (NOх) и 1.7 хил. тона прах, съдържащ естествена радиоактивност. Този ефект съответства на световните тенденции за ограничаване на озоноразрушаващите емисии в атмосферата.
През 1999 г. АЕЦ "Козлодуй" получи приза на Зелената партия в България за приноса си в опазването на околната среда във връзка с подобренията по безопасността, извършени в централата, и за ролята й в намалените емисии на въглероден диоксид в национален мащаб.
През юни 2002 г. атомната електроцентрала "Козлодуй" е номинирана за значимия си принос в опазването и възпроизводството на околната среда и природните ресурси от Министерството на околната среда и водите на Република България.